암세포 약물 반응 예측하고 분석하는 ‘그레이박스’ 개발​

인공지능과 시스템생물학을 융합해 암세포의 약물 반응을 예측하고 메커니즘 분석을 동시에 진행할 수 있는 새로운 개념의 기술이 개발됐다.

지난 수십 년간 많은 의생명과학자의 집중적인 연구에도 불구하고 여전히 국내 사망원인 1위는 암이다. 이처럼 암 치료가 난해한 이유는 환자마다 암 발생의 원인이 되는 유전자 돌연변이와 그로 인한 유전자 네트워크 변형이 서로 달라서 전통적인 실험생물학 접근만으로 표적치료를 적용하는 데에는 본질적인 한계가 있기 때문이다.

한편 딥러닝과 같은 소위 블랙박스(black-box) 방식의 인공지능 기술을 활용해 실험을 대체하고 데이터 학습을 통해 약물 반응을 예측할 수 있으나 이에 대한 생물학적 근거를 설명할 수 없어 결과를 신뢰하기 어려웠다.

KAIST 바이오및뇌공학과 조광현 교수 연구팀이 인공지능과 시스템생물학을 융합해 암세포의 약물 반응 예측 및 메커니즘 분석을 동시에 이룰 수 있는 새로운 개념의 ‘그레이박스’ 기술을 개발했다고 3일 밝혔다.

암 치료에 있어 ‘딥러닝’은 높은 예측 성능을 보이지만 그 근거를 알 수 없어 블랙박스로 불린다. 또한 ‘시스템생물학 기술’은 복잡한 대규모 모델의 경우 예측 성능의 한계를 지니지만 예측 결과에 대한 상세한 근거를 제시할 수 있어서 화이트박스로 불린다. 연구팀은 두 기술의 한계를 동시에 극복할 수 있는 소위 ‘그레이박스’ 기술을 착안했다.

연구팀은 다양한 암종의 돌연변이 및 표적항암제 타겟 유전자 정보를 모아 분자 조절 네트워크 모델을 구축해 여러 암종과 항암제의 약물 반응 예측에 활용될 수 있는 모델을 우선 정립했다.

특히 다양한 암종에서 돌연변이가 빈번하게 발생하는 유전자들을 중심으로 전암(pan-cancer) 유전자 네트워크를 제작했다. 그리고 표적항암제별 약물 반응과 관련된 돌연변이 및 연관 유전자들로 구성된 부분네트워크(sub-network)를 추출해 약물 반응 예측을 위한 시스템생물학 모델을 제작했다.

연구팀은 이렇게 제작된 모델로 트라메티닙, 아파티닙, 팔보시클립 세 개의 표적항암제 및 대장암, 유방암, 위암 세 개의 암종에 대한 ‘그레이박스 모델’을 구축했다.

완성된 모델의 약물 반응 컴퓨터 시뮬레이션 결과는 각 암종별 약물반응의 민감도 차이를 보이는 세포주(cancer cell lines) 실험을 통해 비교 검증했다.

특히 개발된 모델은 미국 국립암연구소(National Cancer Institute)의 예측 결과와 동일했으며, 약물 반응의 차이가 발생하는 원인 또한 상세한 설명이 가능했다.

이번 연구 성과는 블랙박스 모델인 인공지능 기술의 높은 예측력과 화이트박스 모델인 시스템생물학 기술의 해석력을 집약한 기술로 의의가 크다. 특히, 발생 원인이 이질적이고 복잡한 네트워크 질환인 암에 대해 널리 활용 가능한 약물 반응 예측 원천기술로 향후 기술 고도화를 통해 다양한 종류의 암종 및 환자 맞춤형 치료 전략 제시에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

조광현 교수는 "인공지능 기술의 높은 예측력과 시스템생물학 기술의 우수한 해석력을 동시에 갖춘 새로운 융합 원천기술로서 향후 고도화를 통해 신약 개발 산업의 활용이 기대된다ˮ고 말했다.

이번 연구 결과는 셀 프레스(Cell Press)에서 출간하는 국제저널 `셀 리포트 메소드(Cell Reports Methods)' 5월 20일 字 표지논문으로 출판됐다.